De acuerdo a l expresado por las autoridades se trata de un río que tiene problemas, que se han ido deteriorando, que ha tenido impacto por la presión que ha recibido, aunque los técnicos ambientales sostienen que goza de buena salud, y se puede recuperar. En ese sentido el Ministerio de Ambiente viene trabajando en el proceso para recuperar el cauce, con la relevancia que tiene para el país. El impacto de la agricultura, la presencia de agroquímicos genera que los ríos se hayan visto cargados de otros nutrientes que van deteriorando la calidad del agua y de la biodiversidad. Incluso hay estudios realizados por la faculta de Ciencias que determinan que la formación de cianobacterias son producto de la alta contaminación por agroquímicos que de las zonas de producción que van a parar a los cauces de los ríos.
INGRESO DEL RÍO URUGUAY
En la zona de ingreso del río a Uruguay, se ha constatado una carga importante de nutrientes contaminantes, probablemente de la agricultura y luego recibe algunos aportes en el entorno de la primera represa, que es la de Rincón del Bonete. Más adelante recibe aportes importantes de nutrientes en la desembocadura del río Yí y al final hay una presión muy importante por la zona agrícola que supone el departamento de Soriano.
Este ha sido un largo problema de los ríos en Uruguay y que no ha tenido solución, pese a las advertencias que se han hecho sobre el uso de agrotóxicos que se emplean en las zonas de producción.
